2007년 5월 21일, 정부는 향정중심복합도시인 세종특별자치시의 밑그림을 내놓았다.
총 5조 부칙 5조로 구성된 '세종특별자치시 설치 등에 관한 법률(안)' 입법을 예고한 것이다.
이에 따르면 행정중심복합도시는 충청남도에 속하지 않고, 광역자치단체와 같은 지위로서 산하에 자치구가 없는 특수한 형태다.
다시 말해 연기군과 공주시, 충청북도 청원군에서 모두 9개면, 90개리가 통합되는 '세종특별자치시'는 경남 창원시 면적과 비슷한 297제곱킬로미터로, 기초자치단체 없이 읍•면•동으로 구성되는 단층제 구조였다.
연기군 전체를 행정중심복합도시에 포함시킬 것을 요구했던 연기군민은 거세게 반발했다.
입법 예고안에 따라 연기군이 전체 면적 중 52퍼센트를 내주고 인구도 8만 2,000여 명에서 3만여 명이 행정중심복합도시에 편입된다면 연기 군세는 현격히 약화될 것이 자명한 일이었다.
연기군은 잔여지역인 조치원, 전의면, 동면, 소정면, 전동면 등 연기군 전체를 포함할 갓과 법적 지위도 특별시 대신 행정과 재정특례를 인정하는 충청남도 산하의 '도•농 복합형 특례시'로 지정할 것을 요구했다.
그리고 세종특별자치시설치법의 입법 예고기간을 6월 말까지 연기해 놓고 주민의 뜻을 수렴하는 과정을 요구했다.
2007년 5월 29일, 충청남도 시군의장협의회에서는 예정지역과 주변지역, 연기군 잔여지역을 포함하되 공주시와 청원군을 주변지역에서 제외하는 의견을 내놓았고, 5월 30일에 열린 토론회에서는 입법 예고안을 철회하고 주민들의 의견을 수렴할 것을 요구했다.
그러나 6월 11일 정부에 제출한 의견은 지역별로 서로 달랐다.
공주시와 청원군은 행정중심복합도시의 주변지역에서 제외해줄 것을 요구하는 의견서를 제출했으며, 행정구역 변경과 법적 지위는 공주시와 주민들에게 큰 영향을 주는 사안이므로 법률('지방자치법' 제4조 제2항)에 따라 공주시의회의 어견의 반영되거나 전체 주민의 투표로 결정해달라고 건의했다.
더불어 주변지역에 포함되는 것에 반대하는 3만여 명의 주민진정서를 첨부했다.
연기군은 잔여지역까지 행정도시에 포함해줄 것을 요구하는 한편 행정중심복합도시의 명칭도 1,300년의 역사를 지닌 '연기'로 정해줄 것을 요구했다.
연기지역 전체면적 중 51.7퍼센트와 인구 36.2퍼센트가 행정중심복합도시에 편입되면 잔여지역만으로는 지방자치단체로서 존립자체가 어렵다는 게 주장의 근거였다.
충청북도의회는 본 회의를 열어 청원군의 강내면•부용면 지역의 세종특별자치시 편입추진과 관련한 주민투표를 실시한 결과 희망지역만 편입한다는 의견을 확정했다.
이렇듯 행정도시 해당 지역주민들의 반발 속에서 6월 19일 충청남도 연기•공주 일대를 중심으로 건설될 행정도시인 세종특별자치시 설치 등에 관한 법률안이 의결되었다.