헌법재판소가 위헌 결정을 선고한 다음 날, 연기군의회 의원들은 연기군청 앞 광장에 모여 행정수도건설을 끝까지 이행해줄 것을 정부에게 요구하는 기자회견을 열었다.
24일에는 오시덕(공주연기) 열린우리당 국회의원과 오영희 공주시장, 이기봉 연기군수와 김태룡 공주시의회 의장, 황우성 연기군의회 의장 등이 연기군 남면사무소에서 기자회견을 열었다.
이들은 "헌법재판소의 위헌결정은 매우 당혹스럽고 실망스러운 일이며, 국토의 굴형발전과 지방분권화 그리고 수도권 과밀 해소라는 국가적 목표가 포기되거나 중단되어서는 안 된다"고 반박했다.
또한 "우리 지역 주민들은 헌재의 이번 결정이 정치적이고도 지극히 불행한 판단이었다는 점을 명백히 한다"며 "신행정수도건설이 계속 추진될 수 있도록 최선의 노력을 다할 것"이라고 밝혔다.
충청도를 비롯한 온 나라가 다시금 수도이전 논란으로 들썩거렸다.
찬성과 반대의 목소리를 외치는 각계각층의 다양한 목소리가 있었지만 가장 분노한 사람들은 연기군민들이었다.
거리로 나와 "우롱당한 자존심, 정부는 보상하라"라고 적힌 플래카드를 들고 행진하는 주민들은 나름의 절절한 사연을 안고 있었다.
"은행서 대출받아 아파트를 분양받았는데, 이제 어떻하죠?"
"헌법재판소는 대한민국 헌재가 아니라 수도권 헌재입니다. 분해서 한숨도 못 잤습니다."
노무현 대통령은 이해찬 국무총리가 대독한 대통령 시정 연설에서 "누구도 헌재 결정의 법적 효력을 부정하지는 않을 것"이라면서 "정부는 국가균형발전을 변함없이 추진한다는 확고한 의지를 갖고 헌법재판소의 결론에 저촉되지 않으면서 국가균형발전 전략의 취지가 훼손되지 않도록 적절한 계획을 세워 반드시 추진해 나가겠다"는 의지를 천명했다.
이에 따라 정부는 신행정수도 후속 조치를 마런하기 위해 분주히 움직였다.
우선 후속대책위원회가 구성되어 2004년 11월 8일 국무총리실 산하의 심의기구로 공식화했다.
후속대책위원회는 세 차례의 회의를 통해 후속대책의 5대 원칙을 확정했다.
헌법재판소의 결정 내용을 반영하고, 수도권 과밀 해소와 국가균형발전을 선도하고, 중앙행정기관 이전을 포함하여 자족성을 갖춘 도시를 건설하고, 연기•공주 지역의 입지적 우의를 활용하고, 공공기관 지방 이전과 수도권 발전대책, 지방분권 등 국가균형발전 시책을 병행 추진한다는 지침이었다.