2010년 6월 22일, 국회에서 열린 국토해양위원회는 행정중심복합도시건설특별법 전부 개정법률안, 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시건설 및 지원에 관한 특별법일부 개정법률안, 기업도시개발 특별법 일부 개정법률안, 산업입지 및 개발에 관한 법률 일부 개정법률안을 상정하여 심사하였다.
이날 국토해양위원회에는 모두 31명이 출석했고, 대체 토론을 한 후에 각 법안을 표결했다.
행정중심복합도시건설특별법 전부 개정법률안은 찬성 12명, 반대 18명, 기권 1명으로 부결되었고, 기타 3개 법안도 반대 29명, 기권 2명으로 부결됐다.
그러자 한나라당의 임동규 의원은 행정중심복합도시건설특별법 전부 개정법률안을 65명의 서명으로 국회 본회의에 부의하였고, 이에 따라 6월 29일 국회는 본회의를 개최하여 행정중심복합도시건설특별법 전부 개정밥률안을 심의했다.
그 결과 재석의원 275명 중 찬성 105명, 반대 164명, 기권 6명으로 부결되었다.
이에 이명박 대통령은 유감을 표명하면서도 국회의 결정을 존중할 것이라고 밝혔으며, 정운찬. 국무총리는 대국민 담화를 통해 "세종특별자치시 수정안을 관철시키지 못한 데 대해 수정안 설계책임자로서 전적으로 책임지겠다"고 밝히며, 사의를 표명했다.
행정중심복합도시 예정지 원주민들과 원안추진 시민단체들은 국회의 세종특별자치시 수정안 폐기를 일제히 환영하면서도 행정줌심복합도시가 원안대로 건설될지에 대해서는 여전히 마음을 놓지 못했다.
유한식 연기군수는 "주어진 군수 임기 4년을 채우는 것이 문제가 아니라 세종시가 안정을 찾아 하루라도 빨리 출범을 시켜야 한다"라고 주장했다.
세종시사수연기군대책위원회 조선평 공동대표와 김성구 집행위원장, 황치환 사무처장 등은 국회에 상주하다시피하며 세종특별자치시 출범시기를 앞당겨야 한다고 강력하게 주장했다.
이는 2012년의 총선과 대선에서 충청권이 다시 정치적 논쟁에 휘말릴 수 있다는 우려 때문이었다.
유한식 연기군수와 세종시사수대책위원회는 세종특별자치시의 출범시기를 2012년으로 잡고 관할구역은 연기군 전역을 편입하여 광역시로 법적 지위를 갖도록 하자는 데 총럭을 기울였다.
충청인들은 세종시 출범을 확고히 함으로써 더 이상 정치적 논란에 휩싸이지 않기를 바랄 뿐이었다.