헌법재판소의 신행정수도건설특별법 위헌 결정에 따른 부작용은 매우 심각한 상황으로 접어들고 있었다.
신행정수도와 관련된 계획들이 모두 효력을 상실하면서 이와 연계된 정책들 역시 차질을 빚었고, 정부를 믿고 따랐던 충청권 주민들, 특히 연기와 공주지역 주민들이 받아야 했던 물적•심적 타격은 작지 않았다.
"신행정수도 추진을 믿고 인근 청양 등지에 대토(代土) 등을 사놓은 주민들은 재산상 피해가 계속 커지고 있습니다. 알맹이 없는 대안으로 전락할 경우 지역민이 입을 피해는 심각한 수준입니다."
연기군의 한 부동산 업자는 부작용의 심각성을 이렇게 토로하며 후속대책의 시급성을 알렸다.
2004년 10월 21일, 헌재의 신행정수도건설특별법의 위헌 판결에 따라, 행정수도건설을 위해 설치되었던 신행정수도건설추진위원회가 해산되었다.
그리고 위헌판결 20일 만인 2004년 11월 18일, 국무총리 직속의 후속대책을 위한 위원회가 구성되었다.
정식 명칭은 "신행정수도의 건설을 위한 특별조치법 위헌 결정에 따른 후속대책위원회"로, 30자에 이르는 기나긴 이름이 그간의 우여곡절을 말해주고 있었다.
위촉된 위원들은 대부분 신행정수도건설추진위원회에서 활동했던 위원들이었다.
행정수도를 반대하는 보수언론과 학계의 질타 속에서도 소명의식을 지니고 '행정수도 입지선정'과 '기본계획 수립' 등의 주요 사업과정을 어렵게 추진해온 위원들로서는 지금까지의 모든 노력이 물거품이 될 수 있다는 위기의식으로 새로운 각오를 다졌다.
정부에서는 위헌 청구를 미리 예상하고, 6월부터 헌법소원 대책위원회를 구성했다.
헌법소원이 제기되자 법무법인 '화우'와 '태평양'에 변론을 의뢰하고 정부대책회의를 구성하여 대처하였다.
그러나 헌법재판소는 11월 말 정도로 예상되었던 것보다 빠른 10월 19일로 선고일을 발표하였고, 이에 대해 법률대리인단은 "더 이상 문안 작성에 매달리지 않겠다는 것으로 해석되는 마큼 기각 또는 각하를 예상할 수 있었고, 현 재판관의 성향(얼마 전 노무현 대통령 탄핵소추 기각결정)으로 볼 때도 위헌결정 가능성은 낮다"고 판단했다.
그런 예측에 정부 및 추진위원회 위원들은 모두 위헌 제청이 기각될 것으로 낙관하고 있었다.
한편 신행정수도 입지로 결정된 연기•공주 등을 비롯한 충청도민의 분노는 들불처럼 번졌다.
참여정부 역시 이를 계승할 묘책을 강구하기에 바빴다.
후속대책위원회는 간담회, 세미나, 토론회 등의 전문가와 국민 의견수렴을 거쳐 헌재의 위헌판결을 인정하는 범위 내에서 새로운 특별법을 제정하여 행정도시건설을 계속 추진할 방안을 강구하였다.
이때 헌재가 헌법상의 수도를 "국민의 대표기관으로서 국민의 대의기관인 '국회'와 행정을 통할하며 국가를 대표하는 '대통령의 소재지'로 규정하면서도 정부 각 부처의 소재지를 수도 결정의 결정요소로 볼 수는 없다고 한 판결내용은 후속대책의 핵심지침이 되었다.
이에 따라서 국회와 청와대를 제외한 행정중심의 도시를 건설하는 방안을 집중적으로 검토하였다.
여러차례에 걸친 회의와 실무협의를 통해 11개의 대안이 마련되었다.
그리고 최종적으로 행정특별시, 행정중심도시, 교육과학연구도시 등 3개 안으로 압축되자 특별법을 제정하기 위한 후속과업을 국회로 넘겼다.
국회는 신행정수도 후속대책의 시급성과 중요성을 감안하여 2004년 12월 8일 '신행정수도 후속대책과 지역균형발전특별위원회'를 구성했다.
그리고 후속대책안을 집중적으로 검토하기 위해 2005년 1월 6일 제4차 회의를 충남도청에서 개최하기로 하고, 연기•공주지역 현장을 방문했다.
국회특위 위원들의 방문 소식을 접한 신행정수도지속추진범대전시민연대와 충남연대 회원들은 제각각 입체적인 홍보전을 펼쳤다.
당일 범대전시민연대 회원들은 대전역 출구에서 "신행정수도, 정치권은 결단하라"는 피켓을 준비하고 특위 위원들의 이동과정을 동행했다.