그러나 무엇보다도 이 모든 사업을 추진하기 위한 법적 근거가 필요했다.
시행 사업의 주체와 취지 그리고 기본구상이 명확히 제시된 법안이 마련되어야 추진 과정에서의 문제를 해결할 수 있기 때문이다.
이에 따라 참여정부는 추진 기구의 설치, 건설재원 마련, 난개발 방지 등 법안의 주요 내용에 대한 검토를 거쳐 총 8장 61조, 부칙 3항으로 구성된 '신행정수도건설을 위한 특별조치법'(이하 신행정수도건설특별법) 제정안을 입안하여 2003년 10월 21일 국회에 제출했다.
이 법안은 신행정수도건설을 추진하는 최고의결기구로서 신행정수도건설추진위원회를 두고 위원장은 국무총리와 민간전문가가 공동으로 수행하며, 100인 이하의 자문위원과 실무를 효율적으로 지원하기 위한 신행정수도건설추진단을 설치하도록 정하고 있다.
또한 신행정수도에 필요한 재원 마련을 위해 신행정수도건설 특별회계를 설치하도록 하고 주요 국가기관의 이전계획과 건설 기본계획 수립, 신행정수도 예정지역과 난개발 방지를 위한 주변지역을 지정, 난개발 부동산 투기방지계획, 광역도시계획, 개발 절차 등을 규정해 놓았다.
위원회는 중앙행정기관을 비롯한 주요 국가기관의 이전계획을 마련하되 입법부, 사법부, 헌법재판소 등 헌법기관이 포함되는 경우는 국회의 동의를 얻도록 하는 규정도 포함되었다.
다만 실제적으로 행정수도로 이전대상기관 선정시 국회 대법원 등의 헌법기관은 3권 분립정신을 존중하여 당해 헌법기관이 자체적으로 결정하게 하고, 이전을 희망할 경우에는 국회의 동의를 받아 계획에 포함토록 하였다.
이 법안에 따르면 신행정수도 예정지역뿐만 아니라 주변지역은 2010년까지 개발이 엄격히 제한되며, 토지를 매입할 때 2004년이 아닌 2003년 1월 1일 공시지가를 기준으로 보상하도록 되어 있다.
무엇보다 중요한 것은 난개발과 투기를 억제하는 일로, 신행정수도 예정지역과 주변지역이 공개되는 시점부터 도시 기본계획이 수립되는 2010년까지 각종 개발행위와 건축허가를 제한하고, 후보지 선정 단계에서부터 투기가 발생되지 않도록 관계 부처에 토지거래 허가 구역과 투기지역, 투기 과열지구 등을 지정하는 요청 근거를 마련했다.
그리고 신행정수도의 명칭과 행정구역 등을 별도 법률인 '신행정수도 지위 및 관리에 관한 법률'로 정했다.
낙관할 수 없었던 신행정수도건설특별법(안)은 2003년 12월 29일, 건설교통위원회와 법제사법위원회의 의결을 거쳐 재석의원 194명 중 찬성 167명, 반대 13명, 기권 14명 등 압도적 찬성으로 통과되었다.
이렇게 야당과 다른 지방의 큰 반대 없이 압도적으로 통과될 수 있었던 것은 정부, 여당, 기획단을 비롯한 관계자들의 노력 덕분이기도 하지만 이 법안과 함께 공공기관 이전을 통한 혁신도시건설 등 국가균형발전특별법(안)과 지방분권특별법(안) 등 지방분권 3대 특별법을 함께 상정하였기 때문이다.
국가균형발전특별법(안)은 재석의원 203명 중 찬성 172명, 반대 26명, 기권 4명으로 통과됐으며, 지방분권특별법(안)은 재석의원 192명 중 찬성 187명, 반대 2명, 기권 4명으로 의결됐다.
국회 본회의를 통과한 법안은 정부로부터 이송되어 2004년 1월 16일 공포되고, 2004년 4월 17일 시행되었다.
일부 언론에서는 국가의 백년대계인 행정수도 이전이 국민의 여론수렴 과정도 없이 내년 총선을 의식한 정략적 결정으로 이뤼졌다고 비판했지만, 충청권 지역에서는 매우 고무적인 반응이었다.
신행정수도건설특별법이 29일 국회 본회의를 통과한 데 대해 연기•공주•대전을 비롯한 충청권 자치단체와 주민들은 일제히 환영의 뜻을 밝혔다.
심대평 충남지사는 "특별법 제정은 험난하고 긴 여정의 첫 출발에 불과합니다. 지금까지 충청인이 단합된 모습을 보여줬듯이 앞으로도 보다 많은 관심을 가져 주십시오"라고 소감을 전했다.