대통령과의 대화에 나선 유한식 연기군수는 이명박 대통령을 향해 수정안에 결사반대하는 연기군민의 입장을 전하면서 "하루 아침에 약속을 파기하면 어느 국민이 정부와 대통령을 믿겠느냐, 정말 답답하다. 국민에 대한 약속과 신뢰가 중요하다고 생각한다. 법을 지키고 상호신뢰할 수 있는 사회적 가치가 얼마나 중요한지 아셔야 한다"고 정면으로 질책했다.

유 군수의 뒤에는 세종시 수정에 반대하는 연기군민들이 모여서 반대 구호를 외치고 있었다.

2009년 12월 12일, 정운찬 국무총리는 연기군 행정중심복합도시 현장사무실을 찾아가 연기•공주 주민대표 9명과 간담회를 가졌으나 의견 조율에 실패했다.

이후 19일과 20일에도 충청권을 방문하여 민심을 설득하려 했으나 성난 민심은 오히려 정 국무총리를 당혹스럽게 만들었다.

연기군 대평리의 재래시장을 방문했을 때 한 주민이 '원안 고수'를 요구하며 길바닥에서 큰 절을 올린 것이다.

정부의 세종특별자치시 수정안 발표를 일주일 앞둔 2010년 1월 4일, 정운찬 국무총리는 대전시를 찾아 세종특별자치시 수정에 대해 지지를 호소했다.

그러나 돌아온 답변은 "원안대로 하세요!"라는 항의뿐이었다.

2010년 1윌 11일, 마침내 정운찬 국무총리는 정부종합청사에서 기자회견을 열어 세종특별자치시 민관합동위원회 의견 조율을 거친 최종 수정안을 공개했다.

세종시를 향정중심복합도시에서 교육과학중심 경제도시로 전환하고, 행정부처 이전을 백지화하는 대신 자족기능을 강화하기 위해 세종특별자치시를 과학비즈니스벨트 거점지구로 지정하고 대기업을 유치하겠다는 내용이었다.

일부 단체에서는 기대와 긍정적인 입장을 보이기도 했지만 연기군은 원안사수라는 종전의 입장을 철회하지 않았다.

정부는 세종특별자치시 수정안을 법제화하기 위해 행정중심복합도시건설특별법 등 4개 관련 밥개정안을 입법 예고했다.

행정중심도시에서 교육과학중심경제도시로 변경하는 '신행정수도 후속대책을 위한 연기•공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법' 제정안이 공청회 등의 절차를 거쳐 3윌 16일 열린 국무회의에서 의결됐다.

이 수정안은 곧 국회로 넘겨졌으나 부결되고 말았다.

이에 6월 29일, 논란의 중심에 있던 세종특별자치시 수정안에 대한 표결이 실시됐다.

하지만 국회 본회의에 오른 법안은 또다시 부결됐다.

이른바 '신행정수도후속대책을 위한 연기•공주지역 행정중심복합도시특별법 정부개정안'으로 상정된 행정중심복합도시 수정안은 이날 오후 본회의에서 재적의원 275명 중 찬성 105표, 반대 164표,  기권 6표로 끝내 통과되지 못하고 역사 속으로 사라졌다.

그간 4대강 사업과 함께 이명박 정부가 역점을 두고 밀어붙인 수정안은 결국 9개윌이 흐르는 동안 국론분열의 상징으로 부상하다가 민심의 역풍을 맞은 것이다.

그러자 정부는 수정안이 부결된 이상 국제과학비즈니스벨트를 세종특별자치시 안에 입지하는 문제도 원점에서 재검토한다는 입장을 밝혀 논란에 불을 지폈다.

새로 임명된 김황식 국무총리는 대국민 담화를 통해 거점지구는 대전시 대덕으로 하고, 기능지구는 청원군•천안시•연기군으로 정한다는 발표를 통해 논란을 일단락시켰다.

그러나 대기업들은 발표했던 투자계획을 사실상 백지화하며 사업계획을 재검토하기 시작했다.

세종특별자치시 수정안을 추진해온 세종특별자치시 민관합동위원회도 7월 5일 회의를 끝으로 해체됐으며, 세종특별자치시 수정안이 부결된 후 비로소 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법안에 대한 국회 심사가 본격화되었다.

2010년 11월 29일, 국회 행정안전위원회는 전체회의를 열어 정부 직할로 세종특별자치시의 법적 지위와 관할구역 등을 지정하는 법안을 통과시켰고, 12월 7일 법제사법심사위원회 심사를 거쳐 12월 9일 국회 본회의에서 의결되었다.

이 법률은 12월 17일 정부로 이송되어 2010년 12월 27일 제정,공포되었다.